クラスに転校生がやってきた。 その正体は未来を救うために時間転送されてきた少女。 1000年前に封印された式神をめぐって、 少女たちの青春ファンタジーが加速する！

学校が終われば海へ直行！ 夏を満喫する元気少女ミント。ミントはある夕立の日、バス停で不思議な人物に出会う。その人はミントの心の中に直接話しかけてきた。その声に聞き覚えがあるが思い出せないミント。少年のような少女のようなその人物に恋心にも似た好意を抱く。

ミントのクラスにやってきた転校生、ルルカ。 その正体は、未来を壊滅させたワームプログラム「コドク」の誕生を阻止するためやってきた少女。「コドク」は結界に封印されてきた式神が、ネット空間に入り込んでしまい進化したもの。式神を削除したいルルカだが、それには結界を破る能力のあるミントの力が必要だ。ミントを仲間に入れつつつも、プライドが邪魔して素直になれないルルカ。

しかし、ミントの意外な孤独を知る中で、 ルルカのわだかまりも消えていく。ミントは中学に入るまで、引越を繰り返し、寂しさを木々に話しかけるような孤独な子だったのだ。その孤独をきいてくれた木々の声こそ、まさにバス停で出会った人の声と同じだったことに気づくミント。

ついに式神を倒すべく、結界内に侵入するミントとルルカ。 そこにいた式神は、例のバス停で出会った人物。すぐさま攻撃を仕掛けるルルカ。当惑するミント。しかし、圧倒的な式神の力の前にルルカは敗れ去る。

どうしたらいいか分からなくなってしまったミント。 そんなミントを優しくなぐさめる式神。結界の中で安らぎを得るミント。しかし、ミントはふと思い出す、もっと大切な事を。ミントは結界内の安らぎを捨て、式神との危険な対話に乗り出そうとする。はたしてその行方は？そしてルルカは未来を救えるのか？